中山市第三人民医院原名中山县精神病院，成立于1958年。1958年，中山县人民政府拨款将设在环城古香林寺内精神病患者收容站（原设在石岐东部东岳庙）迁至南朗田边村鸡山旁武侯庙内，由中山县人民政府民政科管理，有职工10多人，其中医务人员7人，设有病床100张，住有病人80多人。

1969年起由民政部门移交卫生部门主管，配备15人，负责收治原中山县地域（含珠海县、斗门县）的精神病患者。1975年扩建，病床有160多张，工作人员20多人。

1982年在病患及家属要求下，又由于该院面对蚌埠湖（土名）故改名为“中山县埠湖医院”。1984年改为中山市埠湖医院。

1987年1月，在东区孙文东路241-243号增设埠湖医院石岐门诊部，开设综合门诊科和心理咨询、治疗等，工作人员5人。为偏远镇区的患者复诊、取药提供了便利。同年住院部扩建病房2000平方米。

1991年7月25日中山市埠湖医院升格为副科级建制（中编[1991]55号）。

1993年，全院占地面积3000平方米，设有病床200张，平均日门诊量约100人次，住院中有精神病患者150人。

1998年至2007年，先后在坦背镇、石岐区、坦洲镇等镇区建立精神病社区防治康复站，每月由我院派出医务人员为各镇区病患送医送药和义诊。

1998年2月，广东省人民政府同意我院为精神病学司法鉴定医院，2006年12月，广东省司法厅同意我院成立“广东埠湖法医精神司法鉴定所”。

2002年10月，建筑面积5000平方米新住院大楼落成投放使用。

2006年10月，卫生部批准成立我院成立中山市埠湖医院药物维持治疗点，2007年增设沙溪药物维持治疗点（2009年迁至中山市南区）。

2006年11月，市卫生局核定我院床位编制800张，人员编制512名。

2007年12月，建筑面积1493平方米康复科成立，设有床位67个，医务人员18人。该科常住的康复患者有65人次。

2008年3月，租用本院大门前农田横基，面积为3亩的土地用作残疾人农业种植技能培训基地及停车场，租用时间为伍年。4月残疾人农业种植技能培训基地正式投入使用。

2008年6月，中山市埠湖医院药物维持治疗点沙溪门诊部正式成立，租用民房440平方米，方便中山市西部地区的戒毒人员服用美沙酮戒毒，减轻戒毒者负担；2009年8月，该门诊迁至南区。

2009年1月，根据《关于市埠湖医院更名为中山市第三人民医院的批复》（中机编[2008]82号），更名为中山市第三人民医院。

2010年4月，租用医院门前11亩厂房并装修改造成康复科，设床位180张，另设医院饭堂、餐厅、职工宿舍、篮球场、羽毛球场等。

2010年6月，中山市编办同意我院升格为副处级单位，并成为我市“五大医院”之一。